Structural and functional analysis of parameters governing tankyrase-1 interaction with telomeric repeat-binding factor 1 and GDP-mannose 4,6-dehydratase
Notice bibliographique
Résumé
Human tankyrase-1 (TNKS) is a member of the poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) superfamily of proteins that posttranslationally modify themselves and target proteins with ADP-ribose (termed PARylation). The TNKS ankyrin repeat domain mediates interactions with a growing number of structurally and functionally diverse binding partners, linking TNKS activity to multiple critical cell processes, including Wnt signaling, Golgi trafficking, and telomere maintenance. However, some binding partners can engage TNKS without being modified, suggesting that separate parameters influence TNKS interaction and PARylation. Here, we present an analysis of the sequence and structural features governing TNKS interactions with two model binding partners: the PARylated partner telomeric repeat-binding factor 1 (TRF1) and the non-PARylated partner GDP-mannose 4,6-dehydratase (GMD). Using a combination of TNKS-binding assays, PARP activity assays, and analytical ultracentrifugation sedimentation analysis, we found that both the specific sequence of a given TNKS-binding peptide motif and the quaternary structure of individual binding partners play important roles in TNKS interactions. We demonstrate that GMD forms stable 1:1 complexes with the TNKS ankyrin repeat domain; yet, consistent with results from previous studies, we were unable to detect GMD modification. We also report in vitro evidence that TNKS primarily directs PAR modification to glutamate/aspartate residues. Our results suggest that TNKS-binding partners possess unique sequence and structural features that control binding and PARylation. Ultimately, our findings highlight the binding partner:ankyrin repeat domain interface as a viable target for inhibition of TNKS activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».