VB1-008: Identification of a fully-human antibody specific for CD44E and CD44-isoform-3
Notice bibliographique
Résumé
2903 During the course of their disease, cancer patients often produce antibody responses to their tumors. Humoral tumor immunity has been correlated, in some cases, with a better prognosis and longer survival. Viventia’s product development platforms, Hybridomics™, ImmunoMine™, and UnLock™, have been designed to identify patient tumor-specific antibodies and their cognate tumor-associated antigen. One hybridoma-derived antibody, VB1-008, an IgG MAb, generated from the PBLs of a breast cancer patient, demonstrates preferential binding to the breast cancer tissues/cell lines as tested by immunohistochemistry and flow cytometry with limited normal tissue reactivity. Immunoprecipitation with tumor cell membrane fractions from VB1-008-reactive cell lines showed VB1-008 to react with a ∼110 kDa protein under mild reducing conditions that further resolved over time into one ∼50 kDa band following 1D and two spots varying in pI upon 2D-PAGE analysis. LC-MS/MS analysis of the 1D and 2D spots identified CD44-isoform-3/CD44E and a truncated version of alpha-fetoprotein (AFP). More specifically, with the use of overlapping peptides, VB1-008 reactivity was restricted to the peptide sequence-TNMDSSH, from the unique region constituting the junction of Exon 5 and the variable region, v8 of CD44-isoform-3 and CD44E. CD44E and CD44-isoform-3 differ from each other by only 2 amino acid changes at positions 221 and 230; however, conserving the epitope, TNMDSSH, in both. A synthetic peptide representing the sequence, TNMDSSH, conserved in both isoforms, competes 96% of the original binding by VB1-008. A similar peptide of the same length generated according to the sequence of variable regions v7-v8 of a parent isoform, CD44-isoform 2, MDMDSSH, showed no binding or competition to VB1-008. Extensive analysis by flow cytometry demonstrated that AFP was not present on the cell surface suggesting that this truncated version of AFP was associated with CD44 at the cytosol/membrane interface. The known over-expression of CD44E and CD44-isoform-3 with certain cancers validates the “mining” of the human immune response for the identification of fully-human antibodies specific for drugable cell surface tumor-associated target antigens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».