High-throughput screening of interacting proteins and their modulators in living cells
Notice bibliographique
Résumé
1539 One of the main limitations with genome-proteome based anti-cancer drug development is the lack of understanding of the complicated interaction networks between various proteins and the target. Accordingly, it is very difficult to predict the potential adverse effects of the drug under design. High throughput screening is required to confirm protein interactions as well as to identify molecules that can either promote or inhibit these interactions as early as at the pre-clinical phases of drug development. Unfortunately, the current methods used for the screening of protein interactions both in vitro (e.g. protein array) and in vivo (e.g. yeast two-hybrid) have many limitations. These include multiple costly and time-consuming complicated procedures, non-specific interactions, along with high rate of false positive/negative findings. We have developed a high throughput screening approach using a high efficiency recombinase-based expression plasmid vector library, each plasmid expressing two tagged-ORFs of interest. Consequently, high throughput screening and verification of novel protein interactions can be easily performed based on FRET (fluorescence resonance energy transfer), PFC (protein fragment complementation) or BiFC (bimolecular fluorescence complementation). This novel method overcomes the aforementioned limitations and presents a unique route for the investigation of protein functions of intact proteins in their native state in vivo. Using this method, we achieved increased transformation efficiency, higher stringency detection, decreased false positive results and high-throughput formats. Our lab is currently applying the technology in screening and confirmation of Novel protein interactions in living prokaryotic and eukaryotic cells. Setting up high throughput protocols for the screening and verification of protein interactions. Identification of potential drug candidates (small molecular chemicals, peptides etc.) that can modulate protein interactions towards the development of new anti-cancer agents. For more information, contact: Sunita Asrani, Industrial Liaison Officer, Health Sciences, McMaster University Tel: (905) 525-9140 Ext. 28641 Fax: (905) 546-1372; Email: asranis@mcmaster.ca; JianPing Lu, Jehonathan Pinthus, Fax 001-905-575-6330 E-mail: jianping.lu@hrcc.on.ca; jehonathan.pinthus@hrcc.on.ca
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».