Comprehensive serial analysis of gene expression of the cervical epithelium transcriptome
Notice bibliographique
Résumé
3715 Background: Approximately 500,000 women are diagnosed with cervical cancer worldwide each year and more than half of them will die from this disease. Investigation of genes expressed in preinvasive lesions compared to those expressed by normal cervical epithelium will yield insight to the early stages of disease. As such, establishing a baseline which to compare to, is important in elucidating the abnormal biology of disease. In this study we consider the normal cervical tissue transcriptome and investigate the similarities and differences in relation to CIN III by Long-SAGE (L-SAGE). Objectives: (1) to characterize global gene expression patterns in normal cervical tissue and CIN III by functional group (2) to establish a gene signature unique to normal cervical tissue (3) to identify genes highly expressed in normal cervical tissue showing altered expression in CIN III. Materials and Methods: Two normal and two CIN III cervical biopsies collected just prior to LEEP were collected at the BCCA in Vancouver and the LEEP specimen was used to establish the biopsy grade by a pathologist. Biopsy specimens were stored in RNAlater and were used for L-SAGE library construction. Libraries were sequenced and individual sequence tags mapped using NCBI SAGE Genie. High expressers in normal libraries (> 500 tags per million) were characterized and investigated for changes in expression level in CIN III using a modified Z-Test. Results: Four SAGE libraries were sequenced to an average of 172,848 tags deep. 118 unique tags were highly expressed in normal cervical tissue while 107 of these mapped to unique genes. The most highly expressed gene families were, ribosomal, calcium-binding and keratinizing in normal cervical epithelia. The same genes were assessed for expression in CIN III. Five genes showed altered expression in CIN III when compared to normal and three were confirmed in a new tissue panel by QRT PCR. In addition, we have identified twelve unique Human Papillomavirus 16 (HPV 16) tags in the CIN III libraries. Conclusion: Gene expression changes that parallel the progression stages will help to furthering our understanding of cervical cancer development and identify novel treatment targets. Establishing a baseline which to compare such aberrations is essential for this effort to proceed. We have focused our investigation on those tags most abundantly expressed in normal cervical tissue and have evaluated these genes in terms of tissue specificity, conserved expression and altered expression in CIN III lesions. This work is supported by Genome Canada and NIH P01 CA82710-06.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».