Association Mapping Considering Allele Dosage: An Example of Forage Traits in an Interspecific Segmental Allotetraploid <i>Urochloa</i> spp. Panel
Notice bibliographique
Résumé
The breeding process in tropical segmental allopolyploid forage Urochloa is challenging due to the complex genetic control of the traits. Knowledge about genes associated with forage traits, expressed in the different cutting seasons, are extremely useful to support breeding programs and development of new cultivars. Thus, the aims of our study were (i) to identify genomic regions related to forage traits through genome‐wide association studies (GWAS), and (ii) to verify the influence of allele dosage on these results. A panel of 272 genotypes of Urochloa spp. [ U. brizantha (Hoscht. ex A. Rich.) R. Webster × U. ruziziensis (Hoscht. ex A. Rich.) R. Webster] was evaluated in both the wet and dry seasons. The GWAS analyses were performed with 26,535 single nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained by genotyping‐by‐sequencing (GBS) using diploid and tetraploid allele dosage configurations. Furthermore, we evaluated scenarios including additive, dominance, and epistatic effects. Seven candidate genomic regions associated with the main forage traits of Urochloa spp. were identified. The importance of the diploid and tetraploid molecular configuration in GWAS analyses for segmental allopolyploid species was demonstrated to identify the genomic behavior of important regions. Results demonstrated that it is possible to identify the same regions using both ploidy configurations; however, in some cases, the allele substitution effect can be biased mainly for regions with dominance and epistatic effects. Finally, this study contributes to the understanding of genetic control of tropical forage traits and genomics to accelerate the selection and reduce the cost to release new cultivars.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».