Comparable type I interferon score determination from PAXgene and Tempus whole blood RNA collection and isolation systems
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Type I interferons (IFN) have important roles in many immune-mediated inflammatory diseases (IMIDs) and are a relatively new therapeutic target. Direct detection of type I IFNs has proved challenging, thus their presence is often inferred from the expression of interferon-stimulated genes (ISGs) and calculation of an interferon score (IS). The objective of this research was to determine if the expression of six common ISGs and subsequent IS were comparable when RNA was derived from the Tempus and PAXgene whole blood RNA collection systems. RESULTS: Whole blood was obtained from ten healthy adults, incubated ex vivo in the absence and presence of recombinant human IFNα then divided into PAXgene and Tempus tubes. Despite reports of tube-specific patterns of gene expression, quantitative PCR (qPCR) analysis revealed no significant differences between PAXgene and Tempus tubes in either the homeostatic or IFNα-induced expression of six ISGs (IFI27, IFI44L, IFIT1, ISG15, RSAD2, SIGLEC1). Overall there was a strong correlation in the IS between unstimulated (r = 0.92, p = 0.0005) and IFNα-stimulated (r = 0.71, p = 0.0268) samples derived from the PAXgene and Tempus tubes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».