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Enregistrement W2969305581 · doi:10.1002/prot.25805

Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors

2019· article· en· W2969305581 sur OpenAlexafffund
Rosalba Lepore, Andriy Kryshtafovych, Markus Alahuhta, Harshul Arora Verasztó, Yannick J. Bomble, Joshua C. Bufton, Alex N. Bullock, Cody Caba, Hongnan Cao, Owen R. Davies, Ambroise Desfosses, Matthew Dunne, Krzysztof Fidelis, Celia W. Goulding, Manickam Gurusaran, Irina Gutsche, Christopher J. Harding, Marcus D. Hartmann, Christopher S. Hayes, A. Joachimiak, P.G. Leiman, P. Loppnau, Andrew L. Lovering, V.V. Lunin, K. Michalska, Ignacio Mir‐Sanchis, AK Mitra, John Moult, Daniel M. Pinkas, Phoebe A. Rice, Yufeng Tong, Maya Topf, Jonathan D. Walton, Torsten Schwede

Notice bibliographique

RevueProteins Structure Function and Bioinformatics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAutophagy in Disease and Therapy
Établissements canadiensStructural Genomics ConsortiumUniversity of TorontoUniversity of Windsor
Organismes subventionnairesEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthETH Zürich FoundationInnovative Medicines InitiativeCanada Foundation for InnovationWellcome TrustAbbVieEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsEidgenössische Technische Hochschule ZürichGenome CanadaBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilBoehringer IngelheimU.S. Department of Energy
Mots-clésComputational biologyComputer scienceChemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The functional and biological significance of selected CASP13 targets are described by the authors of the structures. The structural biologists discuss the most interesting structural features of the target proteins and assess whether these features were correctly reproduced in the predictions submitted to the CASP13 experiment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,080

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0240,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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