microRNA-29b knocks down collagen type I production in cultured rainbow trout (<i>Oncorhynchus mykiss</i>) cardiac fibroblasts
Notice bibliographique
Résumé
Warm acclimation of rainbow trout can cause a decrease in the collagen content of the heart. This ability to remove cardiac collagen is particularly interesting considering that collagen deposition in the mammalian heart, following an injury, is permanent. We hypothesized that collagen removal can be facilitated by microRNA-29b, a highly conserved, small, non-coding RNA, as a reduction in this microRNA has been reported during the development of fibrosis in the mammalian heart. We also used a bioinformatics approach to investigate the binding potential of miR-29b to the seed sequences of vertebrate collagen isoforms. Cultured trout cardiac fibroblasts were transfected with zebrafish mature miR-29b mimic for 7 d with re-transfection occurring after 3 d. Transfection induced a 17.8-fold increase in miR-29b transcript abundance (P<0.05) as well as a 54% decrease in the transcript levels of col1a3, compared to non-transfected controls (P<0.05). Western blotting demonstrated that the levels of collagen type I protein was 85% lower in cells transfected with miR-29b than in control cells (P<0.05). Finally, bioinformatic analysis suggested that the predicted 3'UTR of rainbow trout col1a3 has a comparatively higher binding affinity for miR-29b than the 3'UTR of col1a1. Together these results suggest that miR-29b is a highly conserved regulator of collagen type I protein in vertebrates and that this microRNA decreases collagen in the trout heart by targeting col1a3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».