Natural variation in the <i>Arabidopsis AGO2</i> gene is associated with susceptibility to potato virus X
Notice bibliographique
Résumé
Abstract RNA silencing functions as an anti-viral defence in plants through the action of DICER-like (DCL) and ARGONAUTE (AGO) proteins. However, there are few known examples of functional variation in RNA silencing components. The AGO2 protein is important for antiviral defense against multiple viruses and has been shown to be a major limiting factor to infection by potato virus X (PVX) of Arabidopsis thaliana but not Nicotiana benthamiana . We show that the AGO2 proteins from these two plants have differential activity against PVX, suggesting that variation in AGO2 is important in plant-virus interactions. Consistent with this, we find that the Arabidopsis thaliana AGO2 gene shows a high incidence of polymorphisms between accessions, with evidence of selective pressure. AGO2 protein variants can be assigned to two groups, in near equal frequency, based on an amino acid change and small deletions in the protein N-terminus. Inoculation of a large number of Arabidopsis accessions shows strong correlation between these alleles and resistance or susceptibility to PVX. These observations were validated using genetic and transgenic complementation analysis, which showed that one type of AGO2 variant is specifically affected in its antiviral activity, without interfering with other AGO2-associated functions such as anti-bacterial resistance or DNA methylation. Our results demonstrate a novel type of genetically-encoded virus resistance and suggest that plant-virus interactions have influenced natural variation in RNA silencing components.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».