Prediction of Toxin-Antitoxin system (TA system) as a Novel Potent Target in Salmonella typhi Using Bioinformatics Analysis
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Background and Objective: Salmonella typhi is one of the major challenges for the human and animal health. Salmonella with high pathogenicity can be harmful factor for human health. The control of this pathogen is a big challenge as it can cause serious infectious diseases such as gastroenteritis, septicemia and typhoid fever. On the other side, there are many factors such as toxin-antitoxin (TA) system which may be a regulator for the virulence factors in bacteria. The TA system as a potent target for antimicrobial therapy is very important in this bacterium. Therefore, bioinformatics analyses are essential for identification of the potent TA loci. This system is potency for the antimicrobial therapy. In this study, we focused on the TA system as a regulon for the pathogenicity of Salmonella typhi. Materials and methods: We analyzed the potent TA loci and assume the review of these potent TA loci can help us in the next experimental studies. We used RASTA (RASTA-Bacteria: a web-based tool for identifying toxin-antitoxin loci in prokaryotes) database and after that we analyzed TA system in all of the scores. Finally, all of the known and unknown TA loci were identified. Results: By scrutiny different scores and excavate potent TA loci in Salmonella typhi, we were able to discover significant potent TA loci. We discovered several loci in scores 70-80%. In other hand, the potent TA loci were significant in scores 90-100%. A significant number of potent TA loci were discovered on this score. It is interesting that hth-xre exists in most scores and finally the highest number is compared to the other unknown potent TA loci in both strains of Salmonella typhi. Conclusion: By studying all the scores in two different strains of Salmonella typhi including P_stx_12_uid87001 and Ty21a_uid201427, hth-xre was shown in both strains as an unknown TA system which can be a great help for bioinformatics and experimental studies. Finally; we identified the potent TA loci in different Salmonella typhi strains.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle