An Evaluation of Microbial Contamination in Ontario Beach Waters: qPCR Vercus Culture for Enterococcus
Notice bibliographique
Résumé
Contamination in recreational beach water is currently assessed using culture-based measurements of fecal indicator bacteria, a process that requires eighteen to twenty-four hours, from the time of sample collection until results can be released (Converse 2012). Due to the fluctuating nature of microbial contamination, data obtained twenty-four hours later are barely pertinent, and decisions regarding beach closure must be made on outdated information. To avoid this lag, real time polymerase chain reaction (qPCR) has been suggested as an alternate testing method, since it directly measures the genetic material in a sample, and thus can reduce lag time to about three to four hours (Ferretti 2010). The major concern of using qPCR is that the value obtained is a measure of DNA in a sample, and, even though the value can be compared to the amount of DNA in one cell, there may be DNA in the sample that should not be counted towards the total, such as DNA from dead organisms (Haugland 2005). This paper focuses on samples collected during the summer of 2012 from Outlet Beach and Bath Filtration Plant in Kingston, Ontario. DNA was extracted from the samples and subjected to qPCR. The amount of DNA was then compared to a known amount of DNA in calibrator cells. This calculated calibrator cell equivalent value can then be compared to the colony forming unit value, as determined by membrane filtration. Through statistical analysis, a relationship can then be found between the two related values.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».