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Enregistrement W2970923766 · doi:10.1101/748160

Systematic identification of engineered methionines and oxaziridines for efficient, stable, and site-specific antibody bioconjugation

2019· preprint· en· W2970923766 sur OpenAlexfundno aff
Susanna K. Elledge, Hai L. Tran, Alec H. Christian, Veronica Steri, Byron Hann, F. Dean Toste, Christopher J. Chang, James A. Wells

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueClick Chemistry and Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNovartis Institutes for BioMedical ResearchChan Zuckerberg InitiativeCanadian Institute for Advanced ResearchHoward Hughes Medical InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBioconjugationOxaziridineChemistryConjugateAntibody-drug conjugateCysteineCombinatorial chemistryAntibodyBiochemistryStereochemistryMonoclonal antibodyEnzymeBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Chemical modification of antibodies is one of the most important bioconjugations utilized by biologists and biotechnology. To date, the field has been dominated by random modification of lysines or more site-specific labeling of cysteines, each with attendant challenges. Recently we have developed oxaziridine chemistry for highly selective and efficient sulfimide modification of methionine called redox-activated chemical tagging (ReACT). Here, we systematically scanned methionines throughout one of the most popular antibody scaffolds, trastuzumab, for antibody engineering and drug conjugation. We tested the expression, reactivities, and stabilities of 123 single engineered methionines distributed over the surface of the antibody when reacted with oxaziridine. We found uniformly high expression for these mutants and generally good reaction efficiencies with the panel of oxaziridines. Remarkably, the stability to hydrolysis of the sulfimide varied more than ten-fold depending on temperature and the site of the engineered methionine. Interestingly, the most stable and reactive sites were those that were partially buried, likely because of their reduced access to water. There was also a ten-fold variation in stability depending on the nature of the oxaziridine, which we determined was inversely correlated with the electrophilic nature of the sulfimide. Importantly, the stabilities of the best analogs and antibody drug conjugate potencies were comparable to those reported for cysteine-maleimide modifications of trastuzumab. We also found our antibody drug conjugates to be potent in a breast cancer mouse xenograft model. These studies provide a roadmap for broad application of ReACT for efficient, stable, and site-specific antibody and protein bioconjugation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,042
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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