Reticulon and CLIMP-63 regulate nanodomain organization of peripheral ER tubules
Notice bibliographique
Résumé
The endoplasmic reticulum (ER) is an expansive, membrane-enclosed organelle composed of smooth peripheral tubules and rough, ribosome-studded central ER sheets whose morphology is determined, in part, by the ER-shaping proteins, reticulon (RTN) and cytoskeleton-linking membrane protein 63 (CLIMP-63), respectively. Here, stimulated emission depletion (STED) super-resolution microscopy shows that reticulon4a (RTN4a) and CLIMP-63 also regulate the organization and dynamics of peripheral ER tubule nanodomains. STED imaging shows that lumenal ER monomeric oxidizing environment-optimized green fluorescent protein (ERmoxGFP), membrane Sec61βGFP, knock-in calreticulin-GFP, and antibody-labeled ER-resident proteins calnexin and derlin-1 are all localized to periodic puncta along the length of peripheral ER tubules that are not readily observable by diffraction limited confocal microscopy. RTN4a segregates away from and restricts lumenal blob length, while CLIMP-63 associates with and increases lumenal blob length. RTN4a and CLIMP-63 also regulate the nanodomain distribution of ER-resident proteins, being required for the preferential segregation of calnexin and derlin-1 puncta away from lumenal ERmoxGFP blobs. High-speed (40 ms/frame) live cell STED imaging shows that RTN4a and CLIMP-63 regulate dynamic nanoscale lumenal compartmentalization along peripheral ER tubules. RTN4a enhances and CLIMP-63 disrupts the local accumulation of lumenal ERmoxGFP at spatially defined sites along ER tubules. The ER-shaping proteins RTN and CLIMP-63 therefore regulate lumenal ER nanodomain heterogeneity, interaction with ER-resident proteins, and dynamics in peripheral ER tubules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».