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Enregistrement W2971402956 · doi:10.1101/757856

Biochemical and structural analysis reveals the Neurofibromin (NF1) protein forms a high-affinity dimer

2019· preprint· en· W2971402956 sur OpenAlexaff
Mukul Sherekar, Sae‐Won Han, Rodolfo Ghirlando, Simon Messing, Matthew Drew, Puneet Juneja, Hugh O’Neill, Christopher B. Stanley, Debsindhu Bhowmik, Arvind Ramanathan, Sriram Subramaniam, Dwight V. Nissley, William Gillette, Frank McCormick, Dominic Esposito

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurofibromatosis and Schwannoma Cases
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesOak Ridge National LaboratoryBiological and Environmental ResearchNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthBasic Energy SciencesUT-BattelleFrederick National Laboratory for Cancer ResearchBattelleLaboratory Directed Research and DevelopmentU.S. Department of Energy
Mots-clésNeurofibromin 1DimerGTPaseNegative stainNeurofibromatosisBiophysicsChemistryBiologyCell biologyElectron microscopeGeneticsPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene which is mutated in the Rasopathy disease Neurofibromatosis Type I. Defects in NF1 lead to aberrant signaling through the RAS-MAPK pathway due to disruption of the Neurofibromin GTPase-activating function on RAS family small GTPases. Very little is known about the function of the majority of Neurofibromin—to date, biochemical and structural data exist only for the GAP domain and the region containing a Sec-PH motif. To better understand the role of this large protein, we carried out a series of biochemical and biophysical studies which demonstrate that full length Neurofibromin forms a high-affinity dimer. Neurofibromin dimerization also occurs in cells, and likely has biological and clinical implications. Analysis of purified full-length and truncated variants of Neurofibromin by negative stain electron microscopy reveals the overall architecture of the dimer and predicts the potential interactions which contribute to the dimer interface. Structures resembling high-affinity full-length dimers could be reconstituted by mixing N- and C-terminal protein domains in vitro . Taken together these data suggest how Neurofibromin dimers might form and be stabilized within the cell.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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