Molecular surveillance of hepatitis C virus genotypes identifies the emergence of a genotype 4d lineage among men in Quebec, 2001–2017
Notice bibliographique
Résumé
Background: Molecular phylogenetics are generally used to confirm hepatitis C virus (HCV) transmission events.In addition, the Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) has been using molecular phylogenetics for surveillance of HCV genotyping since November 2001.Objectives: To describe the emergence of a specific lineage of HCV genotype 4d (G4d) and its characteristics using molecular phylogenetics as a surveillance tool for identifying HCV strain clustering.Methods: The LSPQ prospectively applied Sanger sequencing and phylogenetic analysis to determine the HCV genotype on samples collected from November 2001 to December 2017.When a major G4d cluster was identified, demographic information, HIV-infection status and syphilis test results were analyzed.Results: Phylogenetic analyses performed on approximately 22,000 cases identified 122 G4d cases.One major G4d cluster composed of 37 cases was singled out.Two cases were identified in 2010, 10 from 2011-2014 and 25 from 2015-2017.Cases in the cluster were concentrated in two urban health regions.Compared to the other G4d cases, cluster cases were all male (p<0.001) and more likely to be HIV-positive (adjusted risk ratio: 4.4; 95% confidence interval: 2.5-7.9).A positive syphilis test result was observed for 27 (73%) of the cluster cases.The sequences in this cluster and of four outlier cases were located on the same monophyletic lineage as G4d sequences reported in HIV-positive men who have sex with men (MSM) in Europe.Conclusion: Molecular phylogenetics enabled the identification and surveillance of ongoing transmission of a specific HCV G4d lineage in HIV-positive and HIV-negative men in Quebec and its cross-continental spread.This information can orient intervention strategies to avoid transmission of HCV in MSM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».