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Enregistrement W2971796508 · doi:10.1101/756023

Hyperspectral super-resolution imaging with far-red emitting fluorophores using a thin-film tunable filter

2019· preprint· en· W2971796508 sur OpenAlexaff
Adriano Vissa, Maximiliano Giuliani, Peter K. Kim, Christopher M. Yip

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Fluorescence Microscopy Techniques
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHyperspectral imagingOpticsFluorophoreMaterials scienceMicroscopySpectral resolutionImage resolutionMultispectral imagePhysicsComputer scienceFluorescenceComputer visionArtificial intelligenceSpectral line

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

New innovations in single-molecule localization microscopy (SMLM) have revolutionized optical imaging, enabling the characterization of biological structures and interactions with unprecedented detail and resolution. However, multi-colour or hyperspectral SMLM can be particularly challenging due to non-linear image registration issues, which affect image quality and data interpretation. Many of these arise as a consequence of differences in illumination optics (beam profile, power density, polarization, point spread function) for the different light sources. This is particularly acute in evanescent-wave based approaches (TIRF) where beam shape, decay depth, and power density are important. A potential useful approach would be to use a single excitation wavelength to perform hyperspectral localization imaging.. We report herein on the use of a variable angle tunable thin-film filter to spectrally isolate far-red emitting fluorophores. This solution was integrated into a commercial microscope platform using an open-source hardware design, enabling the rapid acquisition of SMLM images with ~ 15-20 nm spectral resolution.. By characterizing intensity distributions, average intensities, and localization frequency through a range of spectral windows, we identified an optimal fluorophore pair for two-colour SMLM. Fluorophore crosstalk between the different spectral windows was assessed by examining the effect of varying the photon output thresholds on the localization frequency and fraction of data recovered. The utility of this approach was demonstrated by hyper-spectral super-resolution imaging of the interaction between the mitochondrial protein, TOM20 and the peroxisomal protein, PMP70.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,104
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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