The role of Pirh2 C-terminal residues and ubiquitin lysine chains in ubiquitination mechanism.
Notice bibliographique
Résumé
11110 Background: Pirh2, a p53 inducible gene, is proposed to be a main regulator of p53 family proteins fine tuning the DNA damage response by acting as an E3 ligase. A negative feedback loop between Pirh2 and p53 exists where under unstressed conditions, Pirh2 induces p53 ubiquitination followed by proteosomal degradation. In case of cellular stress when the activity of tumor suppressors is essential, Pirh2 is self-ubiquitinated releasing p53 continuous repression. Interestingly among all E3 ligases, Pirh2 is the only one to be over-expressed in a wide range of human tumors. This over-expression indicates a disruption in the self-ubiquitination mechanism or a defect in the degradation mechanism post ubiquitination. Based on that, we aimed to analyze Pirh2 ubiquitination mechanism through mapping Pirh2 domains to reveal the essential residues for this process and the ubiquitin chains utilized. Methods: Pirh2 constructs deleting major residues in the three domains were designed, and also ubiquitin mutant constructs were designed through single/multiple mutations at specific positions where lysine residues are mutated to arginine. Using these constructs and in comparison to WT proteins, we tested Pirh2 in-vitro self and p53 ubiquitination activity. Results: Regarding Pirh2, we were able to reveal that residues 240-250 of the c-terminal along with the ring domain are essential for self-ubiquitination.K63R and K48R ubiquitin did not affect Pirh2 self-ubiquitination minimizing the impact of ubiquitin mutations on Pirh2 self-ubiquitination. However, KO, which had all lysine residues mutated to arginine, showed total inhibition of Pirh2 self-ubiquitination confirming the importance of lysine residues. Interestingly, Pirh2 self-ubiquitination reaction showed no difference in the presence or absence of p53 proteins. Concerning Pirh2-p53 ubiquitination, K48 was found to be critical for E3 ubiquitin ligase activity because K48R and not K36R showed defective ubiquitination. All results were confirmed by quantifying ubiquitin. Conclusions: Our data added knowledge to the Pirh2 self-ubiquitination mechanism that can resolve the constant overexpression of Pirh2 proteins hence maximizing p53 response to DNA damage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».