A subfamily roadmap of the evolutionarily diverse glycoside hydrolase family 16 (GH16)
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Glycoside hydrolase family (GH) 16 comprises a large and taxonomically diverse family of glycosidases and transglycosidases that adopt a common -jelly-roll fold and are active on a range of terrestrial and marine polysaccharides. Presently, broadly insightful sequence-function correlations in GH16 are hindered by a lack of a systematic subfamily structure. To fill this gap, we have used a highly scalable protein sequence similarity network analysis to delineate nearly 23,000 GH16 sequences into 23 robust subfamilies, which are strongly supported by hidden Markov model and maximum likelihood molecular phylogenetic analyses. Subsequent evaluation of over 40 experimental three-dimensional structures has highlighted key tertiary structural differences, predominantly manifested in active-site loops, that dictate substrate specificity across the GH16 evolutionary landscape. As for other large GH families (i.e. GH5, GH13, and GH43), this new subfamily classification provides a roadmap for functional glycogenomics that will guide future bioinformatics and experimental structurefunction analyses. The GH16 subfamily classification is publicly available in the CAZy database. The sequence similarity network workflow used here, SSNpipe, is freely available from GitHub.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle