COI metabarcoding primer choice affects richness and recovery of indicator taxa in freshwater systems
Notice bibliographique
Résumé
Mixed community or environmental DNA marker gene sequencing has become a commonly used technique for biodiversity analyses in freshwater systems. Many cytochrome c oxidase subunit I (COI) primer sets are now available for such work. The purpose of this study is to test whether COI primer choice affects the recovery of arthropod richness, beta diversity, and recovery of target assemblages in the benthos kick-net samples typically used in freshwater biomonitoring. We examine six commonly used COI primer sets on samples collected from six freshwater sites. Biodiversity analyses show that richness is sensitive to primer choice and the combined use of multiple COI amplicons recovers higher richness. Thus, to recover maximum richness, multiple primer sets should be used with COI metabarcoding. In ordination analyses based on community dissimilarity, samples consistently cluster by site regardless of amplicon choice or PCR replicate. Thus, for broadscale community analyses, overall beta diversity patterns are robust to COI marker choice. Recovery of traditional freshwater bioindicator assemblages such as Ephemeroptera, Trichoptera, Plectoptera, and Chironomidae as well as Arthropoda site indicators were differentially detected by each amplicon tested. This work will help future biodiversity and biomonitoring studies develop not just standardized, but optimized workflows that either maximize taxon-detection or the selection of amplicons for water quality or Arthropoda site indicators.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».