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Enregistrement W2972663182 · doi:10.1101/cshperspect.a036632

Genetic Counseling and Genome Sequencing in Pediatric Rare Disease

2019· review· en· W2972663182 sur OpenAlexaff
Alison M. Elliott

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Perspectives in Medicine · 2019
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaWomen's Health Research Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenetic counselingExome sequencingDiseaseGenetic testingMedicineExomeRare diseaseMedical geneticsPopulationCarrier testingGeneticsBiologyPrenatal diagnosisPathologyMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Both genome sequencing (GS) and exome sequencing (ES) have proven to be revolutionary in the diagnosis of pediatric rare disease. The diagnostic potential and increasing affordability make GS and ES more accessible as a routine clinical test in some centers. Herein, I review aspects of rare disease in pediatrics associated with the use of genomic technologies with an emphasis on the benefits and limitations of both ES and GS, complexities of variant classification, and the importance of genetic counseling. Indications for testing, the role of genetic counselors in genomic test selection, and the diagnostic potential of ES and GS in various pediatric multisystem disorders are discussed. The neonatal population represents an important cohort in pediatric rare disease. Rapid ES and GS in critically ill neonates can have an immediate impact on medical management and present unique genetic counseling challenges. This work includes reviews of recommendations for genetic counseling for families considering genome-wide sequencing, and issues of access to genetic counseling that affect clinical use and will necessitate implementation of innovative methods such as online decision aids. Finally, this work will also review the challenges of having a child with a rare disease, the impact of results from ES and GS on these families, and the role of various support agencies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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