Comparison of multilocus sequence types found among North American isolates of <i>Mycoplasma bovis</i> from cattle, bison, and deer, 2007–2017
Notice bibliographique
Résumé
A prior multilocus sequence typing (MLST) study reported that Mycoplasma bovis isolates from North American bison possess sequence types (STs) different from those found among cattle. The 42 bison isolates evaluated were obtained in 2007 or later, whereas only 19 of 94 (~20%) of the available cattle isolates, with only 1 from North America, were from that same time. We compared STs of additional, contemporary, North American cattle isolates with those from bison, as well as isolates from 2 North American deer, all originating during the same timeframe, to more definitively assess potential strain-related host specificity and expand our understanding of the genetic diversity of M. bovis. From 307 isolates obtained between 2007 and 2017 (209 from cattle, 96 from bison, 2 from deer), we identified 49 STs, with 39 found exclusively in cattle and 5 exclusively in bison. Four STs were shared between bison and cattle isolates; one ST was found in cattle and in a deer. There was no clear association between ST and the health status of the animal of origin. An MLST-based phylogeny including 41 novel STs identified in our study reveals that STs found in bison fall within several divergent lineages that include STs found exclusively in cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».