Defining the Distinct Skin and Gut Microbiomes of the Northern Pike (Esox lucius)
Notice bibliographique
Résumé
The microbiome of freshwater fish has important implications for both commercial and recreational fishing as it is known to have significant impacts on host heath and susceptibility to disease. The aqueous environment serves as a possible avenue for continuous introduction of microbes to an animal host, but little is known about how the surrounding microbiota contribute to piscine microbiomes. To better understand the composition of the fish microbiome exposed to the natural environment, we profiled the microbial composition of the gut and the skin mucosal surface (SMS) of northern pike (Esox lucius) and the surrounding river water. We collected fish samples from eight sites along the Chochocouane River in Quebec, Canada and analyzed the microbial composition via 16S rRNA sequencing. Our results reveal robust taxonomic differences between the SMS and the gut, indicating a divergence between the microbiomes. The gut community was characterized by a lower alpha diversity compared to the SMS and a large proportion of Cetobacterium, a genus previously linked to carnivorous species. On the other hand, the SMS was more similar to the water than the gut at the family level but divergent at lower taxonomic levels, with fewer than 30% of OTUs shared between the SMS and water. In total, our results suggest the establishment of distinct communities across the two fish sites and a distinct separation from the microbes in surrounding waters. These data indicate that despite continuous exposure to water, pike are able to establish and maintain unique microbial communities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».