Different and diverse anaerobic microbiota were seen in women living with <scp>HIV</scp> with unsuppressed <scp>HIV</scp> viral load and in women with recurrent bacterial vaginosis: a cohort study
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To compare the vaginal microbiota of women living with HIV (WLWH) with the vaginal microbiota of women with recurrent bacterial vaginosis (BV) and healthy women without HIV to determine if there are differences in the vaginal microbiome, what factors influence these differences, and to characterise HIV clinical parameters including viral load and CD4 count in relation to the vaginal microbiome. DESIGN: Observational cohort study. SETTING: Canada. POPULATION: Women aged 18-49 years who were premenopausal and not pregnant were recruited into three cohorts: healthy women, WLWH and women with recurrent BV. METHODS: Demographic and clinical data were collected via interviews and medical chart reviews. Vaginal swabs were collected for Gram-stain assessment and microbiome profiling using the cpn60 barcode sequence. MAIN OUTCOME MEASURES: To compare overall community composition differences, we used compositional data analysis methods, hierarchical clustering and Kruskal-Wallis tests where appropriate. RESULTS: Clinical markers such as odour and abnormal discharge, but not irritation, were associated with higher microbial diversity. WLWH with unsuppressed HIV viral loads were more likely than other groups to have non-Gardnerella-dominated microbiomes. HIV was associated with higher vaginal microbial diversity and this was related to HIV viral load, with unsuppressed women demonstrating significantly higher relative abundance of Megasphaera genomosp. 1, Atopobium vaginae and Clostridiales sp. (all P < 0.05) compared with all other groups. CONCLUSIONS: In WLWH, unsuppressed HIV viral loads were associated with a distinct dysbiotic profile consisting of very low levels of Lactobacillus and high levels of anaerobes. TWEETABLE ABSTRACT: Vaginal microbiomes in WLWH with viral load >50 copies/ml have distinct dysbiotic profiles with high levels of anaerobes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».