Prospecting for microbial α-N-acetylgalactosaminidases yields a new class of GH31 O-glycanase
Notice bibliographique
Résumé
α-Linked GalNAc (α-GalNAc) is most notably found at the nonreducing terminus of the blood type–determining A-antigen and as the initial point of attachment to the peptide backbone in mucin-type O-glycans. However, despite their ubiquity in saccharolytic microbe-rich environments such as the human gut, relatively few α-N-acetylgalactosaminidases are known. Here, to discover and characterize novel microbial enzymes that hydrolyze α-GalNAc, we screened small-insert libraries containing metagenomic DNA from the human gut microbiome. Using a simple fluorogenic glycoside substrate, we identified and characterized a glycoside hydrolase 109 (GH109) that is active on blood type A-antigen, along with a new subfamily of glycoside hydrolase 31 (GH31) that specifically cleaves the initial α-GalNAc from mucin-type O-glycans. This represents a new activity in this GH family and a potentially useful new enzyme class for analysis or modification of O-glycans on protein or cell surfaces.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».