Meta-Analysis of Genomewide Association Studies Reveals Genetic Variants for Hip Bone Geometry
Notice bibliographique
Résumé
Hip geometry is an important predictor of fracture. We performed a meta‐analysis of GWAS studies in adults to identify genetic variants that are associated with proximal femur geometry phenotypes. We analyzed four phenotypes: (i) femoral neck length; (ii) neck‐shaft angle; (iii) femoral neck width, and (iv) femoral neck section modulus, estimated from DXA scans using algorithms of hip structure analysis. In the Discovery stage, 10 cohort studies were included in the fixed‐effect meta‐analysis, with up to 18,719 men and women ages 16 to 93 years. Association analyses were performed with ∼2.5 million polymorphisms under an additive model adjusted for age, body mass index, and height. Replication analyses of meta‐GWAS significant loci (at adjusted genomewide significance [GWS], threshold p ≤ 2.6 × 10–8) were performed in seven additional cohorts in silico. We looked up SNPs associated in our analysis, for association with height, bone mineral density (BMD), and fracture. In meta‐analysis (combined Discovery and Replication stages), GWS associations were found at 5p15 (IRX1 and ADAMTS16); 5q35 near FGFR4; at 12p11 (in CCDC91); 11q13 (near LRP5 and PPP6R3 (rs7102273)). Several hip geometry signals overlapped with BMD, including LRP5 (chr. 11). Chr. 11 SNP rs7102273 was associated with any‐type fracture (p = 7.5 × 10–5). We used bone transcriptome data and discovered several significant eQTLs, including rs7102273 and PPP6R3 expression (p = 0.0007), and rs6556301 (intergenic, chr.5 near FGFR4) and PDLIM7 expression (p = 0.005). In conclusion, we found associations between several genes and hip geometry measures that explained 12% to 22% of heritability at different sites. The results provide a defined set of genes related to biological pathways relevant to BMD and etiology of bone fragility. © 2019 American Society for Bone and Mineral Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,023 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».