Deep characterization of the protein lysine acetylation in human gut microbiome and its alterations in patients with Crohn’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Metagenomic and metaproteomic approaches have been used to study the composition and functions of the microbiota. However, no studies have examined post-translational modifications (PTM) on human microbiome proteins at the metaproteome level, and it remains unknown whether the microbial PTM is altered or not in patient microbiome. Herein we used anti-acetyl-lysine (Kac) antibody enrichment strategy and mass spectrometry to characterize the protein lysine acetylation in human microbiome, which successfully identified 35,200 Kac peptides corresponding to 31,821 Kac sites from the microbial or host proteins in human gut microbiome samples. The gut microbial proteins exhibited Kac motifs that were distinct from those of human proteins. Functional analysis showed that microbial Kac proteins were significantly enriched in energy production and abundant in enzymes related to transferases and oxidoreductases. Applying to the analysis of pediatric Crohn’s disease (CD) patient microbiome identified 52 host and 136 microbial protein Kac sites that were differentially abundant in CD versus controls. Interestingly, most of the decreased Kac sites in CD were derived from Firmicutes and most of the increased sites were derived from Bacteroidetes. Forty-six out of the 52 differentially abundant human protein Kac sites were increased in CD patients, including those on calprotectin, lactotransferrin and immunoglobulins. Taken together, this study provides an efficient approach to study the lysine acetylation in microbiome and revealed taxon-specific alterations in the lysine acetylome as well as changes in host protein acetylation levels in intestinal samples during the on-set of disease in CD patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».