Establishing the phenotypic basis of adherent-invasive <i>Escherichia coli</i> (AIEC) pathogenicity in intestinal inflammation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background & Aims Adherent-invasive Escherichia coli (AIEC) are enriched in ileal Crohn’s disease patients and implicated in disease etiology. However, AIEC pathogenesis is poorly understood, and it is unclear if the expansion of these organisms contributes to inflammatory bowel disease (IBD). Questions also remain as to what extent the various in vitro phenotypes used to classify AIEC are pathologically relevant. Methods We utilized a combination of in vitro phenotyping and a murine model of intestinal inflammation to systematically relate AIEC phenotypes to pathogenicity for 30 mucosa-associated human-derived E. coli strains. In vitro assays used included survival/replication in and TNF-α production by J774 macrophages as well as invasion/replication in Caco2 intestinal epithelial cells. Results AIEC do not form a phenotypic group that is clearly separated from non-AIEC. However, E. coli strains displaying in vitro AIEC phenotypes caused, on average, more severe intestinal inflammation. Survival/replication of strains in J774 and Caco2 cells were positively correlated with disease in vivo , while adherence to Caco2 cells and TNF-α production by J774 cells were not. Importantly, co-colonization with adherent non-AIEC strains ameliorated AIEC-mediated disease. Conclusion Our findings do not support the existence of an AIEC pathovar that can be clearly separated from commensal E. coli . However, intracellular survival/replication phenotypes do contribute to murine intestinal inflammation, suggesting that the AIEC overgrowth observed in human IBD makes a causal contribution to disease. The ability to differentiate pathologically-relevant AIEC phenotypes from those that are not provides an important foundation for developing strategies to predict, diagnose and treat human IBD through characterizing and modulating patient E. coli populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».