Association Study of Single Nucleotide Polymorphism in Exon 3 of SPAG11B Gene with Conception Rate in Murrah Bulls
Notice bibliographique
Résumé
Present study was conducted with the objectives to identify single nucleotide polymorphism in sperm associated antigen 11 B(SPAG11B) gene and to analyze association between identified polymorphism with conception rate in Murrah bulls in ICAR-National Dairy Research Institute (NDRI) herd, Karnal. A 373 base pair region covering partial intron 2, exon 3 and partial intron3 of bovine SPAG11 gene was amplified using genomic DNA extracted from eighty six Murrah bulls and genotyped using sequencing and polymerase chain reaction- restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP) methods. Alignment of edited sequence of Murrah buffalo with reported Bos taurus sequence (AC_000158.1) was done with ClustalW analysis. Gene and genotype frequencies, effective allele number, average heterozygosity and polymorphic information content of different genotypes were estimated by POPGENE version 1.32 (University of Alberta, Canada). Statistical analysis for Conception rate of Murrah bulls under study was carried out by SAS Version 9.3(SAS Institute Inc., Cary, NC, USA). The 373 bp fragment of SPAG11 gene was amplified using PCR and a novel SNP of G to A substitution at 2266 base of the SPAG11B gene was identified by sequencing. The amplicon was further digested with SNP-specific MunI restriction enzyme that showed three distinct genotypes viz., AA (266 bp and 107 bp fragment), GA (307 bp, 266 bp and 107 bp) and GG (373 bp fragment). Least square means of conception rate for the SNP was estimated and compared after correction for non-genetic factors. The identified novel SNP of SPAG11 gene showed non-significant association with conception rate. However, there is a lack of association, further studies have to be undertaken in a large population in order to validate the impact of g.2266G>A on conception rate in Murrah bulls.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».