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Enregistrement W2975336707 · doi:10.1073/pnas.1909790116

The role of multilevel selection in host microbiome evolution

2019· article· en· W2975336707 sur OpenAlexafffund
Simon van Vliet, Michael Doebeli

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of Canada
Mots-clésHolobiontMicrobiomeSelection (genetic algorithm)BiologyHost (biology)Evolutionary biologyTraitEcologyGeneticsComputer scienceSymbiosisArtificial intelligenceBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Animals are associated with a microbiome that can affect their reproductive success. It is, therefore, important to understand how a host and its microbiome coevolve. According to the hologenome concept, hosts and their microbiome form an integrated evolutionary entity, a holobiont, on which selection can potentially act directly. However, this view is controversial, and there is an active debate on whether the association between hosts and their microbiomes is strong enough to allow for selection at the holobiont level. Much of this debate is based on verbal arguments, but a quantitative framework is needed to investigate the conditions under which selection can act at the holobiont level. Here, we use multilevel selection theory to develop such a framework. We found that selection at the holobiont level can in principle favor a trait that is costly to the microbes but that provides a benefit to the host. However, such scenarios require rather stringent conditions. The degree to which microbiome composition is heritable decays with time, and selection can only act at the holobiont level when this decay is slow enough, which occurs when vertical transmission is stronger than horizontal transmission. Moreover, the host generation time has to be short enough compared with the timescale of the evolutionary dynamics at the microbe level. Our framework thus allows us to quantitatively predict for what kind of systems selection could act at the holobiont level.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,306
Score d'incertitude au seuil0,118

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations112
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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