The role of genomic vs. epigenomic variation in shaping patterns of convergent transcriptomic variation across continents in a young species complex
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Repeated adaptive divergence in replicates of phenotypic diversification offers a propitious context to identify the molecular bases associated to adaptive divergence. A currently hotly debated topic pertains to the relative role of genomic vs. epigenomic variation in shaping patterns of phenotypic variation at the gene expression level. Here, we combined genomic, epigenomic and transcriptomic information from 64 individuals in order to quantify the relative role of SNPs and DNA methylation variation in the repeated evolution of four limnetic-benthic whitefish species pairs from Europe and North America. We first found evidence for 149 convergent differentially methylated regions (DMRs) between species across continents, which significantly influenced levels of gene expression. Hyper-methylated DMRs in the limnetic species were globally associated to an expression repression relatively to benthic species, and inversely. Furthermore, we identified 108 convergent genetic variants (eQTLs) associated to gene expression differences between species. Gene expression differences were more pronounced in genes harbouring eQTL compared to those associated with DMRs, thus revealing a greater effect of eQTLs on gene expression. Multivariate analyses allowed partitioning the relative contribution of epi-/genomic changes and their association to gene expression variation. Most of the gene expression variation was significantly explained by genomic (4.1%) and putatively genomic-epigenomic interactive variation (46.7%), while “pure” epigenomic variation explained marginally 2.3% of the gene expression variation across continents. This study provides a rare qualitative and quantitative documentation of the relative role of genomic, DNA methylation and their interaction in shaping patterns of convergent gene expression during the process of ecological speciation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».