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Enregistrement W2976673130 · doi:10.1021/acs.langmuir.9b02635

Molecular Ordering in Lipid Monolayers: An Atomistic Simulation

2019· article· en· W2976673130 sur OpenAlexafffund
S. Panzuela, D. Peter Tieleman, L. Mederos, Enrique Velasco

Notice bibliographique

RevueLangmuir · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesMinisterio de Economía y CompetitividadNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsCanada Foundation for Innovation
Mots-clésMonolayerMolecular dynamicsMaterials scienceChemical physicsChemistryCrystallographyNanotechnologyStatistical physicsComputational chemistryPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report on atomistic simulations of DPPC lipid monolayers using the CHARMM36 lipid force field (and also the Slipid force field as a control case), combined with a four-point OPC water model. The entire two-phase region where domains of the "liquid-condensed" (LC) phase coexist with domains of the "liquid-expanded" (LE) phase has been explored. The simulations are long enough that the complete phase-transition stage, with two domains coexisting in the monolayer, is reached in all cases. Also, system sizes used are larger than those in previous works. As expected, domains of the minority phase are elongated, emphasizing the importance of anisotropic van der Waals and/or electrostatic dipolar interactions in the monolayer plane. The molecular structure is quantified in terms of distribution functions for the hydrocarbon chains and the PN dipoles. In contrast to previous work, where average distributions are calculated, distributions are here extracted for each of the coexisting phases by first identifying lipid molecules that belong to either LC or LE regions. In the case of the CHARMM36 force field, the three-dimensional distributions show that the average tilt angle of the chains with respect to the normal outward direction is (39.0 ± 0.1)° in the LC phase and (48.1 ± 0.5)° in the LC phase. In the case of the PN dipoles, the distributions indicate a tilt angle of (110.8 ± 0.5)° in the LC phase and (112.5 ± 0.5)° in the LE phase. These results are quantitatively different from those in previous works, which indicated a smaller normal component of the PN dipole. Also, the distributions of the monolayer-projected chains and PN dipoles have been calculated. Chain distributions peak along a particular direction in the LC domains, while they are uniform in the LE phase. Long-range ordering associated with the projected PN dipoles is absent in both phases. These results strongly suggest that LC domains do not exhibit dipolar ordering in the plane of the monolayer, the effect of these components being averaged out at short distances. Therefore, the only relevant component of the molecular dipoles, with regard to both intra- and long-range interdomain interactions, is normal to the monolayer. Also, the local orientation of chain projections is almost constant in LC domains and points in the direction along which domains are elongated, suggesting that the line tension driving the phase transition might be anisotropic with respect to the interfacial domain boundary.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,037

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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