HOX13-dependent chromatin accessibility modulates the target repertoires of the HOX factors
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Hox genes encode essential transcription factors that control patterning during embryonic development. Distinct combinations of nested Hox expression domains establish cell and tissue identities 1–3 . Consequently, spatial or temporal de-regulation of Hox genes can cause severe alterations of the body plan 3 . While HOX factors have very similar DNA binding motifs, their binding specificity is, in part, mediated by co-factors 4–6 . Yet, the interplay between HOX binding specificities and the cellular context remains largely elusive. To gain insight into this question, we took advantage of developing limbs for which the differential expression of Hox genes is well-characterized 7 . We show that the transcription factors HOXA13 and HOXD13 (hereafter referred as HOX13) allow another HOX factor, HOXA11, to bind loci initially assumed to be HOX13-specific. Importantly, HOXA11 is unable to bind these loci in distal limbs lacking HOX13 function indicating that HOX13 modulates HOXA11 target repertoire. In addition, we find that the HOX13 factors implement the distal limb developmental program by triggering chromatin opening, a defining property of pioneer factors 8,9 . Finally, single cell analysis of chromatin accessibility reveals that HOX13 factors pioneer chromatin opening in a lineage specific manner. Together, our data uncover a new mechanism underlying HOX binding specificity, whereby tissue-specific variations in the target repertoire of HOX factors rely, at least in part, on HOX13-dependent chromatin accessibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».