DNA Barcoding of Cyprinid Fish Chagunius chagunio Hamilton,1822 from Phewa Lake, Nepal
Notice bibliographique
Résumé
The present study is the first of its type that uses a technique of DNA barcoding to determine identification and relationship of a species of fish from Phewa lake, Nepal. The mitochondrial DNA from two ethanol-preserved samples of fish, randomly collected from Phewa lake, was extracted using Gene AllExgene TMtissue extraction kit. 650 base pair of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) was amplified using a cocktail of four primers and was sequenced bidirectionaly using Sanger sequence method. The DNA sequences were edited using AliView software. The sequences confirmed Chagunius chagunio as their alignment with 16 reference sequences belonging to Chagunius chagunio in the NCBI GenBank, scored highest percentage of Query Cover (75% to 100%) and Percentage Identity (97.29% to 100%). The MEGA software analysed the DNA sequences to obtain their corresponding protein sequences. The DNA sequences were submitted to the GenBank and accession numbers (MN087472 and MN087473) were obtained. Clustal Omega software analysed multiple sequence alignment among 19 homologous DNA sequences of Chagunius chagunio from India, Bangladesh and Phewa lake, Nepal. The percentage of similarity among the aligned sequences was calculated as 39.3%. Based on the neighbour joining tree, the Chagunius chagunio of Phewa lake is found closely related with Chagunius chagunio of Bangladesh.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».