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Enregistrement W2977898125 · doi:10.1101/792671

Targeting the Pregnane X Receptor Using Microbial Metabolite Mimicry

2019· preprint· en· W2977898125 sur OpenAlexaff
Zdeněk Dvořák, Felix Kopp, Cait M. Costello, Jazmin S. Kemp, Hao Li, Aneta Vrzalová, Martina Štěpánková, Iveta Bartoňková, Eva Jiskrová, Karolína Poulíková, Barbora Vyhlídalová, Lars Ulrik Nordstroem, Chamini V. Karunaratne, Harmit S. Ranhotra, Kyu Shik Mun, Anjaparavanda P. Naren, Iain A. Murray, Gary H. Perdew, Július Brtko, Lucia Toporová, Arne Schön, William G. Wallace, William G. Walton, Matthew R. Redinbo, Katherine Sun, Amanda P. Beck, Sandhya Kortagere, Michelle C. Neary, Aneesh Chandran, Saraswathi Vishveshwara, Maria Maddalena Cavalluzzi, Giovanni Lentini, Julia Yue Cui, Haiwei Gu, John C. March, Shirshendu Chaterjee, Adam Matson, Dennis L. Wright, Kyle L. Flannigan, Simon A. Hirota, R. Balfour Sartor, Sridhar Mani

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomainePharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
ThématiquePharmacogenetics and Drug Metabolism
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesAlbert Einstein College of Medicine, Yeshiva UniversityNational Institutes of HealthGeorgia Clinical and Translational Science AllianceCrohn's and Colitis Foundation of AmericaU.S. Department of Defense
Mots-clésPregnane X receptorMetaboliteBiologyDrug metabolismG protein-coupled receptorSecondary metaboliteDrug discoveryChemical spaceRegulatorReceptorPharmacologyChemistryBiochemistryCell biologyNuclear receptorGeneDrugTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The human pregnane X receptor (PXR), a master regulator of drug metabolism, has important roles in intestinal homeostasis and abrogating inflammation. Existing PXR ligands have substantial off-target toxicity. Based on prior work that established microbial (indole) metabolites as PXR ligands, we proposed microbial metabolite mimicry as a novel strategy for drug discovery that allows to exploit previously unexplored parts of chemical space. Here we report functionalized indole-derivatives as first-in-class non-cytotoxic PXR agonists, as a proof-of-concept for microbial metabolite mimicry. The lead compound, FKK6, binds directly to PXR protein in solution, induces PXR specific target gene expression in, cells, human organoids, and mice. FKK6 significantly represses pro-inflammatory cytokine production cells and abrogates inflammation in mice expressing the human PXR gene. The development of FKK6 demonstrates for the first time that microbial metabolite mimicry is a viable strategy for drug discovery and opens the door to mine underexploited regions of chemical space.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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