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Enregistrement W2977930626 · doi:10.1002/mgg3.992

Exome sequencing study of partial agenesis of the corpus callosum in men with developmental delay, epilepsy, and microcephaly

2019· article· en· W2977930626 sur OpenAlexafffundabout
Jolyane Meloche, Vanessa Brunet, Pierre‐Alexandre Gagnon, Marie‐Ève Lavoie, Jean‐Benoît Bouchard, Javad Nadaf, Jacek Majewski, Charles Morin, Catherine Laprise

Notice bibliographique

RevueMolecular Genetics & Genomic Medicine · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFetal and Pediatric Neurological Disorders
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation CentreCentre de Santé et de Services Sociaux de ChicoutimiUniversité du Québec à Chicoutimi
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésExome sequencingMicrocephalyGeneticsBiologyFrameshift mutationEpilepsyExomeMissense mutationAgenesis of the corpus callosumCorpus callosumProbandPhenotypeMutationGeneAnatomyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: This study reports the genetic features of four Caucasian males from the Saguenay-Lac-St-Jean region affected by partial agenesis of the corpus callosum (ACC) with hypotonia, epilepsy, developmental delay, microcephaly, hypoplasia, and autistic behavior. METHODS: We performed whole exome sequencing (WES) to identify new genes involved in this pathological phenotype. The regions of interest were subsequently sequenced for family members. RESULTS: Single-nucleotide variations (SNVs) and insertions or deletions were detected in genes potentially implicated in brain defects observed in these patients. One patient did not have mutations in genes related to ACC, but carried a de novo pathogenic mutation in Mucolipin-1 (MCOLN1) and was diagnosed with mucolipidosis type IV. Among the other probands, missense SNVs were observed in DCLK2 (Doublecortin Like Kinase 2), HERC2 (HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase 2), and KCNH3 (Potassium channel, voltage-gated, subfamily H, member 3). One patient also carried a non-frameshift insertion in CACNA1A (Cav2.1(P/Q-type) calcium channels). CONCLUSION: Although no common genetic defect was observed in this study, we provide evidence for new avenues of investigation for ACC, such as molecular pathways involving HERC2, CACNA1A, KCNH3, and more importantly DCLK2. We also allowed to diagnose an individual with mucolipidosis type IV.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,562
Score d'incertitude au seuil0,470

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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