Variability of P26 and P10 genes in Colombian isolates of Potato yellow vein virus (PYVV)
Notice bibliographique
Résumé
Potato yellow vein virus (PYVV) is the causal agent of the potato yellow vein disease and can reduce potato production up to 50%. This virus also infects tomatoes and can remain asymptomatic in plants. PYVV transmission is mediated by vegetative seed, the vector Trialeurodes vaporariorum, and grafts. Its genome has the P26 and P10 genes that are orthologues in the Crinivirus genus, which have been characterized as pathogenic factors and have not been studied in PYVV. We analyzed the variability of P26 and P10 from 45 and 48 sequences, which were obtained by RT-PCR amplification of the total RNA of symptomatic potato leaves from the provinces of Nariño, Cundinamarca, and Boyaca (Colombia). We included sequences of each gene of the PYVV genome of potato and tomato isolates from GenBank. The variability in these genes is influenced by the flow and uncontrolled use of vegetative seed between different provinces, that favor the dispersion of viral variants. In addition, the variability analysis based on maximum likelihood trees, haplotypes, and diversity indices showed that P26 is more variable than P10 and both are more variable in Andigena than in Phureja potatoes. The Tajima and Fu and Li tests revealedthat these genes are subject to negative selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».