Introducing ExHiBITT – Exploring Host microbiome inTeractions in Twins-, a colon multiomic cohort study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The colon is populated by approximately 10 12 microorganisms, but the relationships between this microbiome and the host health status are still not completely understood. Participants from the TwinsUK cohort were recruited to study the interactions between the microbiome and host adaptive immunity. In total, 205 monozygotic twins were recruited from the wider TwinsUK cohort. They completed health questionnaires, and provided saliva, blood, colon biopsies from three different locations, caecal fluid, and two faecal-samples. Here, our objective is to present the cohort characteristics of ExHiBITT including i) biomedical phenotypes, ii) environmental factors and ii) colonoscopic findings. A significant proportion of this apparently normal cohort had colonic polyps (28%), which are of interest as potential precursors of colorectal cancer, and as expected, the number of polyps found was significantly correlated with BMI and age. Hitherto undiagnosed diverticulosis was also not infrequently found during colonoscopy (26%) and was associated in changes in Hybrid Th1-17 cells in the colon. Twin proband cooccurrence rate for diverticulosis (82%), was much higher than for polyps (42%). Familial factors affecting morphology or tolerance may contribute to the ease of endoscopy, as both the time to reach the caecum, and pain perceived were highly concordant (proband concordance: 85% and 56% respectively). We found the expected positive relationship between BMI and colonoscopic anomalies such as diverticular disease and polyps in the whole population, but within twin pairs this association was reversed. This suggests that familial factors confound these associations. Host and microbial Next Generation Sequencing and metabolomics of the samples collected are planned in this cohort.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».