Microarray Analysis of Crohnʼs Disease and Correlation With Traditional Clinical and Histologic Features
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: As a T cell-mediated disease of the gastrointestinal epithelium, Crohn's disease (CD) is likely to share pathogenic elements with other T cell-mediated inflammatory diseases. Recently we showed that ulcerative colitis (UC) manifested large-scale molecular disturbances that correlated with endoscopic and histologic features(IBD 20: 2353, 2014). We hypothesized that ileal CD would manifest similar disturbance. Methods: We studied 27 patients in 31 biopsies with ileal CD, characterizing the clinical, endoscopic and histological features and defined the mRNA phenotype using microarray analysis of ileal biopsies. We measured the expression of pathogenesis-based transcript sets (PBTs) previously published for ulcerative colitis representing effector T cells, macrophages, IFNG effects, and parenchymal injury-repair response and dedifferentiation (table 1). The molecular features were then correlated with conventional assessments including clinical features (modified Harvey Bradshaw index(HBI), simple endoscopic score for CD(SES-CD), c-reactive protein, albumin) and histologic features (lamina propria neutrophilic and lymphoplasmacytic infiltrate, crypt abscess, ulcers present and crypt architectural distortion). Results: CD ileal biopsies arranged by injury-repair score (IRRAT) manifested coordinate transcript changes with IFNG-induced transcripts (GRIT), macrophage transcripts (QCMAT), and injury-repair transcripts increasing while parenchymal transcripts (PT) decreased (figure 1). Lymphoplasmacytic infiltrate was significantly correlated with IRRAT (P=0.005) and negatively correlated with parenchymal transcript expression (P=0.01). Neutrophilic lamina propria infiltrate (p=0.03) and number of ulcers (p=0.03) also correlated with IRRAT. No significant correlation was seen between the molecular features and the HBI (P=0.5), SES-CD(P=0.8) or CRP (0.2).Figure 1Table 1: Pathogenesis-based transcript sets (PBTs)Conclusion: The molecular phenotype of CD manifests a large-scale coordinate disturbance similar to that in UC and other T cell-mediated diseases, reflecting changes in inflammatory cells and parenchymal elements and correlating with histologic assessment, especially the lymphoplasmacytic and neutrophilic lamina propria infiltrate, but not with the clinical and endoscopic features. This raises further questions about our clinical and endoscopic assessments of CD. Novel molecular systems for quantitating and staging the disease elements in the tissues in CD may add a significant new dimension to patient management beyond our current standards.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».