Genetic alterations of epithelial polarity genes are associated with loss of polarity in invasive breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Breast cancer remains a leading cause of cancer-related death for women. The stepwise development of breast cancer through preinvasive to invasive disease is associated with progressive disruption of cellular and tissue organization. Apical-basal polarity is thought to be a barrier to breast cancer development, but the extent and potential mechanisms that contribute to disrupted polarity are incompletely understood. To investigate the cell polarity status of invasive breast cancers, we performed multiplex imaging of polarity markers on tissue cores from 432 patients from a spectrum of grades, stages and molecular subtypes. Apical-basal cell polarity was lost in 100% of cells in all cases studied, indicating that loss of epithelial polarity may be a universal feature of invasive breast cancer. We then analyzed genomic events from the TCGA dataset for an 18-gene set of core polarity genes. Coamplification of polarity genes with established breast oncogenes was found, which is consistent with functional cooperation within signaling amplicons. Gene-expression levels of several polarity genes were significantly associated with survival, and protein localization of Par6 correlated with higher grade, nodal metastasis and molecular subtype. Finally, multiple hotspot mutations in protein-protein interaction domains critical for cell polarity were identified. Our data indicate that genomic events likely contribute to pervasive disruption of epithelial polarity observed in invasive breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».