Abstract 3502: Chemoproteomics provide insights into cell surface reprogramming during KRAS-mediated transformation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract KRAS is among the most frequently mutated genes driving human cancers, including ~45% of colorectal cancers (CRC). Despite decades of research, mutant KRAS is considered undruggable, and is frequently associated with resistance to chemotherapy and other targeted therapies. While the effect of mutant KRAS on regulating intracellular signaling events is well studied, much less is known about its impact on the cell surface proteome (surfaceome), which constitutes the predominant therapeutic target for FDA-approved drugs. To study the cell surfaceome, we optimized a chemoproteomics approach that selectively isolates cell surface proteins and allows their relative quantification using mass spectrometry. When comparing normal intestinal cells to their counterparts expressing oncogenic KRAS (G12V), we identified 104 (~13%) and 170 (~22%) cell surface proteins that were significantly upregulated or downregulated, respectively, in KRAS-transformed cells. Overall, a myriad of proteins, including receptors, solute carriers, adhesion molecules, etc., were modulated by mutant KRAS, and their potential roles in KRAS-mediated transformation are currently being studied. We also found that most of the cell surface proteins were altered in response to transcriptional changes induced by KRAS signaling, and due to increased global endocytosis in KRAS-mutated cells. Our study suggests potential cell surface proteins that could be targeted in KRAS-mutant cells, which will be verified in subsequent studies using human CRC models. Our work helps assemble a global view of how oncogenic KRAS alters the spatial distribution of several cell surface proteins, and thereby potentially impacts tumor functions and therapeutic response. Citation Format: Neethi Nandagopal, Léo Aubert, Sami Nourreddine, Geneviève Lavoie, Philippe Roux. Chemoproteomics provide insights into cell surface reprogramming during KRAS-mediated transformation [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 3502.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».