Age at Diagnosis of Crohnʼs Disease May Explain NOD2-Smoking Interactions
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: A recent meta-analysis demonstrated that patients with Crohn's disease (CD) who carry a 1007fs variant in the NOD2 gene were significantly less likely to be a current or former smoker at the time of CD diagnosis. We hypothesize that the NOD2-smoking interaction is explained by the differential prevalence of NOD2 variants and smoking status based on age at diagnosis. Methods: A case-only study was used to assess the interaction between smoking status at diagnosis and the 1007fs allele of the NOD2 gene among patients with CD (N=733). Smoking status was defined as current, former (quit smoking more than 1 year prior to diagnosis), and lifelong non-smoker prior to diagnosis. The 1007fs variant of the NOD2 gene was identified using a golden gate custom chip. Chi-squared tests were used to assess the association between the 1007fs variant, smoking status, and age at diagnosis as defined by the Montreal Classification: A1 (≤16 years of age); A2 (17 to 40 years); and A3 (> 40 years). Logistic regression was used to estimate the odds ratio (OR) of being a carrier of the 1007fs variant and an ever smoker (current or former) at diagnosis for patients more than 40 years old at diagnosis (A3) compared to those less than 40 at diagnosis (A1+A2). Results: Among the733 patients with CD 76 (10.4%) were carriers for the 1007fs variant; 227 (31.0%) were current smokers at diagnosis and 89 (12.1%) were former smokers. Overall, 107 (14.9%) patients were A1; 487 (67.9%) were A2; and 123 (17.2%) were A3. The prevalence of the 1007fs variant varied significantly with age of diagnosis (Figure 1; p < 0.01). In contrast, the proportion of patients that were ever smokers at diagnosis was significantly higher among A3 patients (Figure 1; p < 0.001). Diagnosis after the age of 40 years significantly decreased the odds of being a 1007fs carrier (OR 0.24, 95% CI 0.09 to 0.68) and increased the odds of having ever smoked (OR 3.36, 95% CI 2.22 to 5.08).Figure 1Conclusion: Although meta-analysis data has demonstrated a significant negative interaction between the 1007fs variant and cigarette smoking, the mechanism for the protective effect of these two risk factors remains unknown. Our data suggests that this interaction may result from differences in the prevalence of the 1007fs mutation in NOD2 and smoking status at age of diagnosis. Consequently, gene-environment interaction studies should be powered to examine age-specific interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,008 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».