The transcription factor PU.1 mediates enhancer-promoter looping that is required for IL-1β eRNA and mRNA transcription in mouse melanoma and macrophage cell lines
Notice bibliographique
Résumé
The DNA-binding protein PU.1 is a myeloid lineage-determining and pioneering transcription factor due to its ability to bind "closed" genomic sites and maintain "open" chromatin state for myeloid lineage-specific genes. The precise mechanism of PU.1 in cell type-specific programming is yet to be elucidated. The melanoma cell line B16BL6, although it is nonmyeloid lineage, expressed Toll-like receptors and activated the transcription factor NF-κB upon stimulation by the bacterial cell wall component lipopolysaccharide. However, it did not produce cytokines, such as IL-1β mRNA. Ectopic PU.1 expression induced remodeling of a novel distal enhancer (located ∼10 kbp upstream of the IL-1β transcription start site), marked by nucleosome depletion, enhancer-promoter looping, and histone H3 lysine 27 acetylation (H3K27ac). PU.1 induced enhancer-promoter looping and H3K27ac through two distinct PU.1 regions. These PU.1-dependent events were independently required for subsequent signal-dependent and co-dependent events: NF-κB recruitment and further H3K27ac, both of which were required for enhancer RNA (eRNA) transcription. In murine macrophage RAW264.7 cells, these PU.1-dependent events were constitutively established and readily expressed eRNA and subsequently IL-1β mRNA by lipopolysaccharide stimulation. In summary, this study showed a sequence of epigenetic events in programming IL-1β transcription by the distal enhancer priming and eRNA production mediated by PU.1 and the signal-dependent transcription factor NF-κB.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».