PathBank: a comprehensive pathway database for model organisms
Notice bibliographique
Résumé
PathBank (www.pathbank.org) is a new, comprehensive, visually rich pathway database containing more than 110 000 machine-readable pathways found in 10 model organisms (Homo sapiens, Bos taurus, Rattus norvegicus, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa). PathBank aims to provide a pathway for every protein and a map for every metabolite. This resource is designed specifically to support pathway elucidation and pathway discovery in transcriptomics, proteomics, metabolomics and systems biology. It provides detailed, fully searchable, hyperlinked diagrams of metabolic, metabolite signaling, protein signaling, disease, drug and physiological pathways. All PathBank pathways include information on the relevant organs, organelles, subcellular compartments, cofactors, molecular locations, chemical structures and protein quaternary structures. Each small molecule is hyperlinked to the rich data contained in public chemical databases such as HMDB or DrugBank and each protein or enzyme complex is hyperlinked to UniProt. All PathBank pathways are accompanied with references and detailed descriptions which provide an overview of the pathway, condition or processes depicted in each diagram. Every PathBank pathway is downloadable in several machine-readable and image formats including BioPAX, SBML, PWML, SBGN, RXN, PNG and SVG. PathBank also supports community annotations and submissions through the web-based PathWhiz pathway illustrator. The vast majority of PathBank's pathways (>95%) are not found in any other public pathway database.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».