The Challenge of Stratifying Obesity: Attempts in the Quebec Family Study
Notice bibliographique
Résumé
Background and aims. Obesity is a major health problem worldwide. Given the heterogeneous obesity phenotype, an optimal obesity stratification would improve clinical management. Since obesity has a strong genetic component, we aimed to develop a polygenic risk score (PRS) to stratify obesity according to the genetic background of the individuals. Methods. A total of 231 single nucleotide polymorphisms (SNP) significantly associated to body mass index (BMI) from 21 genome-wide association studies were genotyped or imputed in 881 subjects from the Quebec Family Study (QFS). The population was randomly split into discovery (80%; n=704) and validation (20%; n=177) samples with similar obesity (BMI 30) prevalence (27.8% and 28.2%, respectively). Family-based associations with obesity were tested for every SNP in the discovery sample and a weighed and continuous PRS231 was constructed. Generalized linear mixed effects models were used to test the association of PRS231 with obesity in the QFS discovery sample and validated in the QFS replication sample. Further, the Fatty Acid Sensor (FAS) study (n=141; 27.7% obesity prevalence) was used as an independent sample to replicate the results. Results. The linear trend test demonstrated a significant association of PRS231 with obesity in the QFS discovery sample (ORtrend=1.19 [95% CI, 1.14-1.24]; P=2.0x10-16). We also found that the obesity prevalence was significantly greater in the higher PRS231 quintiles compared to the lowest quintile. Significant and consistent results were obtained in the QFS validation sample for both the linear trend test (ORtrend=1.16 [95% CI, 1.07-1.26]; P=6.7x10-4), and obesity prevalence across quintiles. These results were partially replicated in the FAS sample (ORtrend=1.12 [95% CI, 1.02-1.24]; P=2.2x10-2). PRS231 explained 7.5%, 3.2% and 1.2% of BMI variance in QFS discovery, QFS validation, and FAS samples, respectively. Conclusions. These results revealed that genetic background in the form of a 231 BMI-associated PRS has a significant impact on obesity, but a limited potential to accurately stratify it. Further studies are encouraged on larger populations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,027 | 0,040 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».