Measuring the Evolutionary Distances between Brassicaceae Species
Notice bibliographique
Résumé
Evolutionary relationships can help us understand the history and evolution of a species. Evolutionary relationships are often discovered or confirmed by molecular phylogeny, which allows us to compare species by their genomes. About 9-15 million years ago, the Brassica genus, which includes canola, broccoli, mustards, and other plants, experienced a whole genome triplication event. This event not only increased the size of the genome, but also the number of duplicated genes within it. We used the Genome REarrangements with Duplications (GREDU) software package to find the double-cut-and-join edit distances between five Brassicaceae species, three of which were from the Brassica genus. GREDU rearranges genomes to find an approximation of the smallest number of rearrangements that must be made to transform one genome into the other. The smaller the number, the closer any two species are predicted to be. GREDU notably supports the comparison of genomes with duplicate genes included in the calculation, which is important when working with Brassica species. We were able to reconstruct the widely accepted phylogenetic tree of the species studied, however we discovered that the GREDU tool may not be best when comparing Brassica species due to the high number of duplicate genes. Future areas of research include determining the actual edit distances between species and analyzing whether GREDU is an appropriate package for conducting comparisons when species have a high number of duplicated genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».