Peer Review #2 of "Multiplexed ISSR genotyping by sequencing distinguishes two precious coral species (Anthozoa: Octocorallia: Coralliidae) that share a mitochondrial haplotype (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Background: Precious corals known as coralliid corals (Anthozoa: Octocorallia), play an important role in increasing the biodiversity of the deep sea.Currently, these corals are highly threatened because of overfishing that has been brought on by an increased demand and elevated prices for them.The deep sea precious corals Pleurocorallium elatius and Pleurocorallium konojoi are co-distributed in Japanese waters and have distinct morphological features: (1) the terminal branches of the colony form of P. elatius are very fine, while those of P. konojoi are blunt and rounded, (2) the autozooids of P. elatius are arranged in approximately four rows, while those of P. konojoi are clustered in groups.However, previous genetic analysis using mtDNA and nuclear DNA did not indicate monophyly.Therefore, it is important to clarify their species status to allow for their conservation. Methodology:We collected a total of 87 samples (60 of C. japonicum and 27 of P. konojoi) from around the Ryukyu Islands and Shikoku Island, which are geographically separated by approximately 1300 km.We used a multiplexed inter-simple sequence repeat (ISSR) genotyping by sequencing (MIG-seq) and obtained 223 SNPs with which to perform STRUCTURE analysis and principle coordinate analysis (PCoA).In addition, two relatively polymorphic mtDNA regions were sequenced and compared.Results: Pleurocorallium elatius and P. konojoi share a same mtDNA haplotype, which has been previously reported.However, MIG-seq analysis clearly distinguished the two species based on PCoA and STRUCTURE analysis, including 5% of species-specific fixed SNPs. Conclusion:This study indicated that P. elatius and P. konojoi are different species and therefore both species should be conserved separately.Our findings highlight the importance of the conservation of these two species, especially P. elatius, whose population has been dramatically depleted over the last 100 years.The study also demonstrated the effectiveness and robustness of MIG-seq for defining closely related octocoral species that were otherwise indistinguishable using traditional genetic markers (mtDNA and EF).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | Métarecherche Domaine: Évaluation · Genre: Autre Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Commentaire Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,065 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,002 |
| Communication savante | 0,009 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,460 | 0,254 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Les modèles divergent sur des parties de cette classification; chaque voix est préservée dans la section en fin de page.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».