Implementation of Epilepsy Multigene Panel Testing in Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epilepsy is a common neurological condition that shows a marked genetic predisposition. The advent of next-generation sequencing (NGS) has transformed clinical genetic testing by allowing the rapid screen for causative variants in multiple genes. There are currently no NGS-based multigene panel diagnostic tests available for epilepsy as a licensed clinical diagnostic test in Ontario, Canada. Eligible patient samples are sent out of country for testing by commercial laboratories, which incurs significant cost to the public healthcare system. OBJECTIVE: An expert Working Group of medical geneticists, pediatric neurologists/epileptologists, biochemical geneticists, and clinical molecular geneticists from Ontario was formed by the Laboratories and Genetics Branch of the Ontario Ministry of Health and Long-Term Care to develop a programmatic approach to implementing epilepsy panel testing as a provincial service. RESULTS: The Working Group made several recommendations for testing to support the clinical delivery of care in Ontario. First, an extension of community healthcare outcomes-based program should be incorporated to inform and educate ordering providers when requesting and interpreting a genetic panel test. Second, any gene panel testing must be "evidence-based" and takes into account varied clinical indications to reduce the chance of uncertain and secondary results. Finally, an ongoing evaluative process was recommended to ensure continued test improvement for the future. CONCLUSION: This epilepsy panel testing implementation plan will be a model for genetic care directed toward a specific set of conditions in the province and serve as a prototype for genetic testing for other genetically heterogeneous diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,007 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».