Transfer Learning with U-Net type model for Automatic Segmentation of Three Retinal Layers In Optical Coherence Tomography Images
Notice bibliographique
Résumé
Retinal layer analysis on OCT images is a standard procedure used by ophthalmologists to diagnose various diseases. Due to a large number of generated OCT images for each patient, a manual image analysis can be time-consuming and error-prone, which can consequently affect the timeliness and quality of the diagnosis. Therefore, in recent years, a variety of methods, based prevalently on deep learning, have been proposed for the automatic segmentation of retinal layers. In our study, the U-Net type model with a ResNet based encoder, pretrained on ImageNet dataset is utilized. In addition, the model is combined with postprocessing step to obtain segmented layer boundaries. The modified versions of U-Net type model have already been applied to various non-medical imaging segmentation tasks, achieving outstanding results. To investigate whether the pretrained U-Net type model contributes to improvement of retinal layer segmentation, two models are trained and validated on 23 volumes of OCT images with age related macular degeneration (AMD): the U-Net model with pretrained ResNet34 encoder on ImageNet dataset and the original U-Net model, trained from the scratch. The one-sided Wilcoxon signed-rank test has shown that the pretrained U-Net type model outperforms the original U-Net model for segmenting three regions bounded by four layer boundaries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».