Variation at<i>DENND1B</i>and Asthma on the Island of Tristan da Cunha
Notice bibliographique
Résumé
A high prevalence of asthma has been documented among the inhabitants of Tristan da Cunha, an isolated island in the South Atlantic. The population derives from just 28 founders. We performed lung function testing, including methacholine inhalation challenge, allergen skin prick testing, and collected DNA from essentially all of the current island population (269 individuals), and genotyped a panel of 43 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) reported as associated with asthma and atopy. We carried out a mixed-model association analysis using the known pedigree. There were 96 individuals diagnosed as asthmatic (36%), and heritability estimates were similar to those from nonisolated population samples (multifactorial threshold model, h2 = 48%). The first component from a genetic principal components analysis using the entire SNP panel was nonlinearly associated with asthma, with the maximum risk to those intermediate to reference (Human Genome Diversity Project) European and African samples means. The single most strongly associated SNP was rs2786098 (p = 5.5 × 10-5), known to regulate the gene DENND1B. This explained approximately one-third of the trait heritability, with an allelic odds ratio for the A allele of 2.6. Among A/A carriers, 10 out of 12 individuals were asthmatic. The rs2786098*A variant was initially reported to decrease the risk of childhood (atopic) asthma in European but slightly increase the risk in African-descended populations, and does significantly alter Th2 cell function. Despite an absence of overall association with this variant in recent asthma genome wide association studies meta-analyses, an effect may exist on the particular genetic background of the Tristan da Cunha population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».