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Enregistrement W2980748449 · doi:10.1016/j.mex.2019.10.015

Inappropriateness of RNAlater to preserve Caenorhabditis elegans for RNA extraction

2019· article· en· W2980748449 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueMethodsX · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Aging, and Longevity in Model Organisms
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food Canada
Mots-clésTrizolCaenorhabditis elegansRNARNA extractionExtraction (chemistry)LysisProteinase KBiologyLysis bufferCell biologyGeneChemistryEnzymeBiochemistryChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Caenorhabditis elegans is a well-established laboratory animal model and has been widely used in biological research. However, it is still a challenge to obtain a good amount of quality RNA from a limited number of C. elegans for gene expression studies. To address this issue, the present study has compared different conditions to preserve C. elegans for RNA extraction after the failure of an initial effort to use RNAlater-preserved worms for RNA extraction. The effects of different concentrations of proteinase K, different worm life stages, and different worm numbers on RNA extraction were also investigated. The best results were achieved under the following conditions: 1) adult worms that were either freshly prepared or quickly frozen in liquid nitrogen followed by storage at −80 °C; 2) disruption of C. elegans with proteinase K (1 mg/mL) in a lysis buffer (65 °C for 10 min) prior to extraction with Trizol agent. This method can provide a stable, rapid, and effective means to extract RNA from C. elegans with variable worm numbers from 20 to 200.•RNAlater was inappropriate for preserving C. elegans for effective RNA extraction.•Proteinase K was verified for lysing a limited number of C. elegans for RNA extraction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,143
Score d'incertitude au seuil0,530

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle